紫外線的殺菌原理是用特定納米波長破壞細菌和病毒的DNA分子，使細菌和病毒無法繁殖。處理食物時，紫外線破壞的是細菌細胞，不會引起發熱，不破壞營養成分。因為DNA不是微生物分子的營養成分，而人體需要的那些物質分子不會被破壞。因此不會在食物里留下致癌物，更不會引起構成食物的營養成分改變而產生不利于人體的物質。紫外線食品殺菌的優點是在不改變食物的自然風味前提下，避免了化學殺菌劑或者防腐劑的“異味”與化學殘留，而且對于一些希望保持“自然狀態”的食物比如果汁等飲料，紫外線殺菌屬于冷殺菌，相對于熱殺菌而言，紫外線殺菌無需對物料進行加熱，利用其滅菌機理殺滅微生物，因而避免了食品成分加熱而被破壞處理的優勢。紫外線殺菌不會破壞食物的營養成分和味道，也不會產生致癌物質，絕對是安全可食用。
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